殺菌鍋的用水最好使用純凈水或者軟化水，如果長時間使用鈣鎂離子超標的水，殺菌鍋會結水垢，水垢會讓管道變細，影響水流的通過。水垢還有可能堵塞噴嘴或者淋水孔，使殺菌鍋出現熱分布不均勻等故障。
電加熱的殺菌鍋會因為水垢燒壞電熱管，或者出現加熱時間過長等問題。
殺菌鍋用的水質很好沒有結白色的水垢，但是殺菌鍋內出現了紅色或者黑色污染物，有些廠家甚至質疑殺菌鍋材質，說不銹鋼的殺菌鍋生銹了。真正的原因其實是蒸汽管道內的銹水進入到殺菌鍋內造成的，在蒸汽進殺菌鍋前合理加分汽缸接疏水閥，或者合理的做蒸汽管道的保溫可以有效解決這個問題。
酸洗配方比例：容積1立方配1噸水+30kg磷酸；
（1）將水與磷酸混合攪拌均勻，用給水泵將磷酸水抽入鍋內，每隔一個小時循環10-15分鐘，加溫至40度左右，清洗12小時；
（2）清洗結束后，用給水泵抽入與鍋相等容積里的清水，循環洗至少三遍（注：磷酸水解除到的地方必須用清水沖洗干凈，否則容易造成腐蝕）。
