在臭氧殺菌中，材料可以直接用臭氧氣體處理，并溶解在水中形成臭氧水進行殺菌。臭氧水殺菌有兩種化學反應:微生物細菌直接與水中的臭氧反應，間接與羥基反應。因為羥基是一種氧化性氧化劑，臭氧水可以很快殺死細菌。由于臭氧具有極強的氧化力，空氣中存有微量臭氧就能刺激人體中樞神經，促進血液循環，可以讓人產生爽快和振奮的感覺。當臭氧濃度達到0.01ppm后，即對人體有輕微影響。當臭氧濃度超過0.1ppm時，對人體健康有害。因此，臭氧引發設備使用階段中，必須注重使用的安全。特別是車間空氣滅菌，根據車間是否人員和處理的目的，調整不同濃度。美國、日本標準規定容許濃度值基準要求值為0.1ppm,東歐各國為0.5ppm.我國雖然有關標準法規尚在建立之中，但也應該注重對臭氧濃度的使用控制，以免對人體造成傷害。
